■パーマリンクを変更したらエラー。 サイトに関してはapacheの画面になる。

.htaccessの先頭行に以下を追加してみてください

Options +SymLinksIfOwnerMatch

■テンプレートの更新が出来ない（ファイルを更新ボタンが出てこない）

手動でUPしているため、パーミッションを変更しなければなりません。
パーミッションを変更すればなおります。

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ファイルは 666